感染與延遲癒合
一般而言，PRK手術後的患者，有0.1% 的機率會受到感染，LASIK的機率更小。 大致上，細菌感染只會引起不適及延遲癒合，不會有長期的影響。

矯正不足或過度矯正
要精確無誤地預測您的眼睛會對雷射手術有何反應是不可能的。在矯正不足或過度矯正的情形下，您有可能在手術後仍需要戴眼鏡來矯正殘餘的度數。有許多病例（但不是所有的案例均可），可能會做第二次手術來改善手術效果。

角膜過度霧化
角膜霧化是PRK手術後的一個正常的癒合過程。在大多數的病例當中，角膜霧化並不會影響最終視力，角膜上的霧化也只有在顯微鏡下才能看見。但是，有一些病例的角膜過度霧化，且影響視力。在這個情形下，如果有矯正不足的情形，可能需要作第二次手術來改善霧化的情況。發生嚴重霧化情形的比例，PRK手術患者比LASIK手術患者多。

視力減退
在某些患者中，手術矯正的效力，在幾個月後就慢慢消失，這就像矯正不足的情形一樣，第二次手術可以解決這個問題。嚴重視力減退，在LASIK手術患者間發生的機率比PRK較低。

光暈現象
光暈現象是一種視覺現象，通常在微光中才會被察覺。光暈現象是，當瞳孔放大時，物體外圍出現一圈淡淡的光暈，那是由未經手術部分的周邊角膜所形成的。有些接受過PRK或LASIK的患者，這個現象會影響他們夜間開車的視力。目前的新科技已經可以大大減少或完全消除這個現象生。

眼壓高
高眼壓的發生是因為眼內水分含量增加，這種情形會發生在一些PRK手術的患者身上，因為他們必須點用數個月的類固醇。 如果遵照指示，在點用類固醇期間，定期接受手術後檢查，眼壓升高的情形就可以以簡單的測量來監控，並即時修正用藥來加以控制。LASIk手術患者通常在手術一個星期後就不再使用類固醇了，所以這個風險也就不存在。

手術後角膜瓣移位(僅LASIK)
手術後一年間，角膜瓣還是有些禁不起戳刺及搓揉的，所以，運動或做其他活動時，配戴保護眼鏡是很重要的，因為運動時，球、手肘、拳頭或其他物體都有可能撞擊到眼睛而使其受到傷害。

手術中斷
當機器故障時，手術可能會被迫中斷。手術中斷對LASIK手術的影響比對PRK手術的影響高，因為LASIK手術較複雜。

在完美的手術下仍然可能存在的問題
即使所有事情都盡善盡美，還是會有一些因素可能會帶來不滿意的結果。年紀較大的患者應該了解，在沒有戴眼鏡的情形下，您不可能在同一隻眼睛內，同時擁有好的遠距離視力及近距離視力。有些近視患者依賴自身的近視眼睛（拿掉眼鏡或配戴較淺度數的鏡片）來閱讀，這種情形的患者，在手術矯正後，可能仍需要閱讀用的眼鏡。